بخشی از حوضه آبریز رود لیمپوپو که از زمین‌چهرهای اصلی جنوب قاره آفریقا است در این کشور قرار گرفته‌است. سد گابورون که بر یکی از شاخه‌های این رود به نام نوتوانه ساخته شده، آب پایتخت را تامین می‌کند. رود چوبه که در شمال کشور واقع شده، در ناحیه کاپریوی، مرزی طبیعی میان بوتسوانا و نامیبیا ایجاد کرده‌است. رود چوبه در محلی به نام کازونگولا به رود زامبزی می‌پیوندد. در “دلتای اوکاوانگو” سبز پوش واقع در در بوتسوانا یوزپلنگ ،گورخر ، کرگدن و گاو وحشی آزادانه پرسه می زنند.