بدیهی است که نظم میرزاتقی‌خانی، شامل همه امور می‌شد و او به دنبال توسعه کاریکاتوری ایران نبود. بهداشت و درمان، به عنوان یکی از مهم‌ترین بخش‌هایی که حاکمیت باید بر آن نظارت کند و ورود مؤثر داشته باشد، مورد توجه و اهتمام میرزاتقی‌خان قرار داشت و پروتکل‌های او برای توسعه بهداشت عمومی و پیشگیری از بیماری‌های واگیر، یکی از درخشان‌ترین و افتخارآمیزترین برگ‌های تاریخ پزشکی ایران را رقم زد. در ادامه، به برخی پروتکل‌های بهداشتی امیرکبیر اشاره خواهیم کرد.
یکم؛ آغاز نهضت واکسیناسیون
واکسیناسیون یا به اصطلاح مایه‌کوبی، در دوره فتحعلی‌شاه و به اهتمام عباس‌میرزا نایب‌السلطنه و برادر وی، محمدعلی‌میرزا دولتشاه برای مقابله با بیماری وحشتناک آبله، وارد ایران شد؛ اما این اقدام، جنبه عمومی پیدا نکرد. امیرکبیر بلافاصله پس از آغاز صدارت، طی اطلاعیه‌ای، موضوع پیشگیری از این بیماری واگیر و خطرناک را به مردم اعلام کرد و با دستورالعمل دولتی، مأموران آموزش دیده را برای واکسن زدن به اقصی‌نقاط «ممالک محروسه» فرستاد.
نکته مهم در پروتکل امیرکبیر برای مقابله با آبله، توجه ویژه او به کودکان بود. امیر دستور داد کودکان را در مایه‌کوبی، بر بزرگ سالان اولویت دهند: «اولیای دولت علیّه کسان برای یادگرفتن این فن شریف (آبله‌کوبی) گماشته‌اند که بعد از آموختن به جمیع ممالک محروسه مأمور نمایند که در هر ولایتی جمیع اطفال را مردم بیاورند و آبله‌شان را بکوبند و از تشویش هلاک، رعیت آسوده گردند.» قانون «آبله‌کوبی»، همگانی و اجباری بود و متخلفان به پرداخت جریمه سنگین محکوم می‌شدند.
دوم؛ برقراری قرنطینه در مرز‌های ایران
در دوران میرزاتقی‌خان، بیماری‌های واگیر و هولناکی مانند وبا، حصبه، تیفوس و طاعون در خاورمیانه شیوع داشت و همه کشور‌های منطقه درگیر آن بودند. امیر که برای توسعه بهداشت، برنامه‌ای بلند مدت داشت، دستور داد تا قاعده یا قانون «گراختین» یا همان «قرنطینه» در مرز‌های ایران اجرا شود. او با تیزبینی، در ذی‌حجه سال ۱۲۶۷، به اسکندرخان حاکم کرمانشاه نوشت: «از قراری که عالیجاه میرزا ابراهیم‌خان کارپرداز اول دولت علیّه مقیم دارالسلام بغداد نوشته است، ناخوشی وبا همه عربستان را فراگرفته و از اول خانقین الی نجف اشرف طغیان تمام دارد و اهالی بغداد کاملا متفرق شده‌اند.
البته آن مخدوم از تفصیل آن بهتر استحضار دارد. چون آن‌جا معبر عام است و هر روزه زوار عتبات و سایرین به همه ممالک محروسه تردد دارند، بسیار لازم است که برای حفاظت ممالک محروسه، بنای گراختین (قرنطینه) که منفعت آن به کرّات به تجربه رسیده است، گذاشته شود.» امیرکبیر در این دستور حکومتی، شرح کاملی از مراحل قرنطینه را اعلام و انجام آن را اجباری می‌کند.
سوم؛ بنای نخستین بیمارستان دولتی
امیرکبیر برای توسعه بهداشت عمومی و پیشگیری از گسترش بیماری‌های واگیر و با عنایت به این موضوع که بخش مهمی از مردم را، تهیدستان تشکیل می‌دهند، نخستین بیمارستان دولتی نوین ایران را در پایتخت بنا کرد، بیمارستانی با ظرفیت نگهداری ۴۰۰ بیمار که با ریاست میرزامحمدولی حکیم‌باشی اداره می‌شد و در آن تعدادی پزشک اروپایی، مانند «کازولانی»، تحت اشراف پزشکان ایرانی، خدمت می‌کردند. داروخانه دولتی این بیمارستان، داروی مورد نیاز فقیران جامعه را به صورت رایگان تأمین می‌کرد. وجه مهم اقدام امیر در این زمینه، برتری دادن طبیب ایرانی در مقابل پزشک اروپایی است؛ رویکردی که با تأسیس رشته پزشکی در دارالفنون برای تربیت پزشکان جوان ایرانی هم، به شدت دنبال می‌شد.